Interní ambulance v GynCentru se spolupodílí na komplexnosti péče o pacienty. Zajišťuje snadnou a rychlou dostupnost předoperačních vyšetření. Provádí interní kontroly u zde sledovaných těhotných žen a přebírá do péče pacientky s interními komplikacemi jako je hypertenze, diabetes apod.. Stárá se o pacientky GynCetra po interní stránce, formou jednotlivých vyšetření nebo formou dlouhodobé dispenzarizace. V rámci interní ambulance funguje i kardiologie s možností provedení echokardiografického vyšetření, ergometrického vyšetření, dále i Holterovské vyšetření - 24hodinová monitorace krevního tlaku a EKG.